四、在恒温下发酵14—15小时在干净的大泡沫箱内放入几瓶装满50℃热水的长方形塑料瓶子，把已接种上纳豆菌的泡沫饭盒摆在瓶子上。箱内理想温度是42℃。如箱内温度降到37℃时，瓶内重新换入50℃的热水。如此反复更换瓶内热水，发酵14—15小时，大豆表面产生了白膜，有粘丝出现后，大豆就变成了纳豆。盖严盖，放入冰箱冷藏室低温保存。如没有泡沫箱子，也可使用大纸盒，四周包上棉被和电褥子，或者箱内插入一只45℃的电灯泡等方法来保持箱内恒温。注意多接触空气。
五、后熟
在40℃—42℃的恒温下发酵14—15小时，然后放在冰箱内低温熟成数小时后，做好的纳豆无论是外观还是口感都会更好。因此建议纳豆做好后，先放入冰箱内低温熟成数小时以后再食用。
六、纳豆菌的保存
粉末纳豆菌因处于孢子状态特别稳定，只要放在阴凉干燥处就能长期保存。但开封后一定要放在冰箱内低温保存。